科技部中美食品安全联合研究中心于2008年5月在上海交通大学揭牌成立。这一联合研究中心的成立，是基于中国科技部和美国农业部签署的中美农业科学技术合作框架中关于食品安全合作研究的重要内容，由我校和美国农业部东部研究中心及普渡大学合作建立，其目的是围绕中美两国食品生产和贸易中面临的共同食品安全问题，开展食品安全相关的合作科研和人才培养，并将研究成果运用于食品生产加工技术的改进之中，以保障食品的安全与营养。

上海交通大学保加利亚中心成立于2016年1月。旨在高效推进中保之间的交流合作，为中保学术、科研、教育文化和产业合作提供全方位的机遇，构建我国与保加利亚乃至中东欧科技、文化和教育交流平台。该中心依托于农业与生物学院，并与外语学院、凯原法学院、国际事务与管理学院、新农村发展研究院等部门联合建设。

“复旦-交大-诺丁汉植物生物技术研发中心”于2001年10月成立，由英国科技大臣Sainsbury勋爵和前上海市副市长严隽琪揭牌成立；该中心由上海交通大学、复旦大学、英国诺丁汉大学共建，是中国高校首次同英国大学在植物生物技术领域组建的国际性研究机构；中心主任由长江学者唐克轩担任；主要从事药用植物代谢工程、植物合成生物学、植物基因表达调控等。经过15年的努力，中心已发展成为国内外知名的以植物为研究对象的分子生物学研究中心。

“上海交通大学-耶路撒冷希伯来大学现代农业联合研究中心”成立于2016年4月，由上海交大副校长梅宏教授与耶路撒冷希伯来大学副校长Isaiah（Shy）Arkin教授共同为研究中心揭牌。双方将以中心为桥梁，强化农业、食品和环境科学等领域的合作，拓展师资交流与学生交换，并以中心为依托，每年共同举办现代农业双边研讨会。

“上海交通大学陆伯勋食品安全研究中心”由1938届校友陆伯勋博士（美国加州大学戴维斯分校食品科学与工程系著名教授）捐资300万美元、学校给予相应配套支持而兴建的研究和社会服务机构。“中心”依托于农业与生物学院，借鉴了世界著名大学研究机构运作的成功经验，已成为在国内外有重要影响的学术机构。

“单细胞生物学联合研究中心（JCSCB）”成立于2019年10月，是由上海交通大学、荷兰拉德堡德大学和山东农业大学联合创建的研究中心。中心将致力采用并发展国际领先的单细胞生物学研究技术和方法。主要工作目标是加快和加深对不同细胞个体的认知，继而提升我们在生物学和医学基础研究、细胞生物技术和种质创新等领域的核心力量。