孙镇菲 职       称：副研究员 所属学科：植物科学系/园艺学 研究方向：植物表观遗传学 电子信箱：zfsun@sjtu.edu.cn 联系地址：上海交通大学农业与生物学院创新楼B-519室

 

教育经历：

2000/09-2004/06  西北农林科技大学，学士

2004/09-2009/06  中国农业大学，博士

 

工作经历：

2009/07-2011/07  复旦大学，科研助理

2011/08-2013/07  中国科学院植物生理生态研究所，博士后

2013/08-2015/10  中国科学院植物生理生态研究所，助理研究员

2015/11-2018/08  中国科学院植物生理生态研究所，副研究员

2018/09-2019/10  华东师范大学，专任副研究员

2021/07-2022/12 上海交通大学，助理研究员

2022/12-今      上海交通大学，副研究员

 

主要研究内容：

表观遗传调控在植物的生长发育和环境适应中发挥着重要的作用，涉及不同调控层次，包括非编码RNA、DNA甲基化、组蛋白变体、组蛋白修饰以及染色质三维空间构象等。本人的研究主要围绕着非编码RNA和染色质三维空间构象展开，包括以下三个方向:

1. 探索拟南芥和玉米中长链非编码RNA（lncRNA）的分子细胞学作用机制；

2. 解析环境信号因子在植物microRNA合成过程中的作用机制；

3. 探究三维基因组和DNA甲基化在作物染色体加倍过程中的作用机理。

 

主要承担项目：

1. 国家自然科学基金面上项目，题目：长链非编码RNA（lncRNA）在蓝光调控植物胚轴伸长中的作用机制研究（项目编号：31971334），59万元（2020.01-2023.12），主持。

2. 国家自然基金青年基金项目，题目：光信号在 microRNA 转录和加工过程中的调控分子机制研究（项目编号31401041）， 28 万元 （2015.01-2017.12），主持。

3，上海交通大学“新进青年教师启动计划”， 5万元，主持。

4．上海市能源作物育种及应用重点建设实验室开放课题，题目：利用AtHB17基因提高玉米抗逆性（项目编号：2010052），5 万元（2010.05-2012.05），主持。

 

主要研究成果

第一作者论文 (#, 共同一作)：

1, Zhenfei Sun#, Yunlong Wang#, Zhaojian Song#, Hui Zhang, Yuanda Wang, Kunpeng Liu, Min Ma, Pan Wang, Yaping Fang, Detian Cai, Guoliang Li, Yuda Fang (2022) DNA methylation in transposable elements buffers the connection between three-dimensional chromatin organization and gene transcription upon rice genome duplication. Journal of Advanced Research DOI: 10.1016/j.jare.2022.07.007 （2022 IF=12.822）

2, Zhenfei Sun, Min Li, Ying Zhou, Tongtong Guo, Yin Liu, Hui Zhang, Yuda Fang (2018) Coordinated regulation of Arabidopsis microRNA biogenesis and red light signaling through Dicer-like 1 and phytochrome interacting factor 4. PLoS Genetics 14(3): e1007247（2018 IF=6.1）

3, Zhenfei Sun, Tongtong Guo, Yin Liu, Qi Liu, Yuda Fang (2015) The Roles of Arabidopsis CDF2 in Transcriptional and Posttranscriptional Regulation of Primary MicroRNAs. PLoS Genetics11(10),  e1005598（2015 IF=8.555）

4, Zhenfei Sun, Kai Huang, Zujing Han, Pan Wang, Yuda Fang (2020) Identification of Arabidopsis competing endogenous RNAs in response to the blue light. Scientific Reports 10;10(1):6229（2020 IF=4.379）

5，Jinfeng Zhao#, Zhenfei Sun#, Jun Zheng, Xiying Guo, Zhigang Dong, Junling Huai, Mingyue Gou, Junguang He, Yongsheng Jin, Jianhua Wang, Guoying Wang (2009) Cloning and Characterization of a Novel CBL-interacting Protein Kinase from Maize. Plant Molecular Biology 69(6), 661-674（2009 IF=3.6）

合作论文：

1, Tongtong Guo, Xuegao Mao, Hui Zhang, Yu Zhang, Mengdi Fu, Zhenfei Sun, Peng Kuai, Yonggen Lou, Yuda Fang (2017) Lamin-like Proteins Negatively Regulate Plant Immunity through NAC WITH TRANSMEMBRANE MOTIF1-LIKE9 and NONEXPRESSOR OF PR GENES1 in Arabidopsis thaliana. Molecular Plant 10 (10), 1334-1348.

2, Qingqing Yan, Xi Xia, Zhenfei Sun, Yuda Fang (2017) Depletion of Arabidopsis SC35 and SC35-like serine/arginine-rich proteins affects the transcription and splicing of a subset of genes. PLoS Genetics 13(3):e1006663.

3, Qi Liu, Qingqing Yan, Yin Liu, Fang Hong, Zhenfei Sun, Leilei Shi, Ying Huang, Yuda Fang. (2013) Complementation of Hyponastic Leaves1 by Double-Strand RNA-Binding Domains of Dicer-Like1 in Nuclear Dicing Bodies. Plant Physiology 163, 108.

4, Guodong Ren, Qian Zhou, Shouxin Wu, Yufan Zhang, Lingang Zhang, Jirong Huang, Zhenfei Sun and Benke Kuai (2010) Reverse Genetic Identification of CRN1 and its Distinctive Role in Chlorophyll Degradation in Arabidopsis. J. Integr. Plant Biol. Doi 52(5):496-504.